Una base de datos revela qué hay en el microbioma de los alimentos que comemos

Un equipo internacional de investigadores ha desarrollado una base de datos del microbioma de la comida mediante el análisis de los metagenomas (término que designa todo el material genético del conjunto de microorganismos de un ambiente) de cientos de alimentos.

Así, han identificado 10 899 microbios asociados a estos productos, la mitad de los cuales eran especies desconocidas, y han mostrado que los microorganismos asociados explican el 3 % del microbioma intestinal de los adultos y el 56 % del microbioma intestinal infantil. El estudio se publica en la revista Cell y la base de datos está accesible como recurso de acceso abierto.

Los 10 899 microorganismos asociados explican el 3 % del microbioma intestinal de los adultos y el 56 % del microbioma intestinal infantil

Los nuevos datos permiten identificar y controlar los microorganismos indeseables, estudiar el movimiento de los microbios a lo largo de la cadena alimentaria y la propagación de genes de resistencia a antibióticos, además de mejorar los atributos saludables de los alimentos, entre otras aplicaciones. Denominada Curated Food Metagenomic Database (CFMD), es fruto del mayor estudio sobre microbiomas de alimentos realizado hasta la fecha.

“Este recurso marcará un hito en la investigación en microbiología de alimentos”, señala Abelardo Margolles, investigador del Instituto de Productos Lácteos de Asturias (IPLA-CSIC), que ha participado en su elaboración. “Este recurso ayudará a los expertos a afrontar retos que hasta ahora eran muy difíciles de abordar debido a la escasez de metagenomas de alimentos disponibles en las bases de datos.”

Secuenciación genética masiva

La base de datos CFMD es fruto del trabajo del consorcio internacional MASTER, que ha analizado más de 2.500 metagenomas asociados a alimentos procedentes de 50 países, incluidos 1.950 metagenomas secuenciados por primera vez. Contiene datos sobre 3.600 especies microbianas, incluyendo más de 200 nuevas especies.

“Aproximadamente dos tercios de las muestras fueron de productos lácteos y las instalaciones en las que se elaboran; y se han analizado también bebidas y carnes fermentadas, entre otros alimentos”, indica Margolles.

Este recurso ayudará a los expertos a afrontar retos que hasta ahora eran muy difíciles de abordar debido a la escasez de información disponible

“Los microbios alimentarios pueden tener un impacto positivo en la producción de alimentos o negativo -en su deterioro o su implicación en la transmisión de enfermedades”, añade. “Tradicionalmente, los microorganismos alimentarios se han estudiado cultivándolos en caldos o placas de Petri, pero este proceso es lento y no todos los microbios son cultivables”.

Identidad microbiana de quesos artesanales

El trabajo del CSIC se ha centrado en el análisis de quesos artesanales asturianos. “Se han analizado ambientes de 28 queserías pertenecientes a la Asociación de Queseros Artesanos del Principado de Asturias, y se ha comprobado que los quesos de cada instalación tienen características únicas”, revela Margolles.

“Esto es importante porque se podría asociar la especificidad y la calidad de los alimentos locales a su microbioma, e incluso posibilita utilizar el metagenoma como un marcador de autenticidad del alimento, representado una poderosa herramienta para garantizar su trazabilidad y origen”, concluye.

Referencia:

Carlino et al., Unexplored microbial diversity from 2,500 food metagenomes and links with the human microbiome. Cell 2024